Ректорската управа ја сочинуваат ректорот, проректорите, деканите на единиците на Универзитетот и 1 (еден) претставник на студентите избран од Студентското собрание на Универзитетот. Во работата на Ректорската управа учествува и генералниот секретар на Универзитетот, без право на одлучување.
Членови на Ректорска Управа:
– Проф. д-р Иван Бимбиловски – Ректор
– Проф. д-р Елена Хаџиева – декан на Факултетот за информатички системи, визуелизација, дигитална мултимедијална и анимациска техника
– Вонр. проф. д-р Анета Велкоска – декан на Факултетот за комуникациски мрежи и системи
– Вонр. проф. д-р Јованка Дамоска Секулоска – декан на Факултетот за компјутерски науки и инженерство
– Вонр. проф. д-р Горан Шибаковски – декан на Факултетот за применети информатички технологии, машинска интелигенција и роботика
– Вонр. проф. д-р Александар Карадимче – декан на Факултетот за информатички и комуникациски науки
– Петар Сотировски – преставник од Универзитетско студентско собрание на УИНТ